概念不同，考查能力不同。
概念不同：综合应用能力考试面向事业单位，考查考生在某一领域内、专业性更强，实际解决问题的能力，处理具体问题。申论是公务考试的考试科目，考查社会共性问题，侧重考核考生的政治敏感度，对政策的把握，属于方向性。
考查能力不同：综合应用能力：管理角色能力、分析判断能力、计划与控制能力、协调管理能力、文字表达能力等。申论：考查阅读理解能力、综合分析能力、提出问题和解决问题的能力、文字表达能力等。
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