首先，从客观的角度，对比分析一下这两个岗位。
一、县里的事业单位，有管理岗、专业技术岗和工勤岗之分，这里首先排除工勤岗，因为工勤岗跟公务员没有可比性。
管理岗十个职级，县级以下事业单位实行职级并行后，管理岗的发展前途不再像之前那样，熬一辈子都在九级职员上打转，最高可以升到六级职员，享受相应工资待遇，也可以竞聘领导岗位，调任公务员。
专业技术岗，十三个等级，包括高级岗位、中级岗位和初级岗位。最好的方式就是评职称聘任，理论上可以一直聘任到一级岗位正高级。副高级以上的专业技术岗，聘任满两年，也可以竞聘领导岗位，走公务员发展路线。
二、乡镇公务员。公务员的发展前途，不用多说，大家都知道，理论上存在无限可能。可以晋升提拔到县里，也可以参加省、市公务员遴选。
但前面几年，必须面对一些问题，比如工作压力大。乡镇工作繁琐，上面对接部门多，下面办事人员少，很多工作需要加班加点才能完成，五加二，白加黑，经常是家常便饭，容易心力交瘁。
晋升提拔比较困难。对乡镇公务员来说，科级是一道坎，一辈子在乡镇岗位上摸爬滚打的，大有人在。
三、工作强度方面，县里的事业单位的要稍微轻松一些，相当于上传下达的中间部门；乡镇公务员直接面对最基层，很多时候要和村民打交道。工作环境方面，也是县里的事业单位要好一些。
四、工资福利待遇方面。有两个明显的区别，一个是公务员有车补，而事业单位没有；还有一个就是年底绩效奖金方面，公务员相对要多一些。相同级别的公务员和事业单位人员，公务员的年收入要高一些，大概多2-3万。但是事业单位专业技术岗聘任了职称，待遇又高于公务员。
至于怎么选择，个人觉得应该结合自身的情况综合确定。家里有人或者亲朋好友是公务员，自己又立志在官场发展，性格外向，沟通表达、协调能力比较突出，公文写作能力也比较强，建议选乡镇公务员；性格偏内向，是技术型选手，在其他方面也没有比较突出的能力，建议选择县里的事业单位。