区别主要在于二者的考察内容不同：《公共基础知识》考察内容包括事业单位管理与改革及相关热点、时政热点、法律常识、马克思主义哲学、政治经济学、毛泽东思想、中国特色社会主义理论体系、行政管理、公文写作、自然常识、科技常识等内容。
《综合应用能力》的考试题型多为主观性试题，有些类似于公务员考试中的申论科目，但实际上要比申论考试的题型更为复杂，题型上主要有辨析题、论述题、案例分析题、公文改错题和材料作文题几种，当然由于每年的题型都会有所变化，有些地方还会有策划题和应用类的题目。
其主要测查报考者的阅读理解能力、综合分析能力、提出和解决问题能力、文字事业单位综合基础考什么表达能力以及对基本公文写作知识的熟悉程度。
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