本能寺之变是日本历史上深刻影响后世历史进程的重大事件，同时也在日本历史上留下了一个数百年来的未解之谜：天正十年六月二日（1582年6月21日）凌晨日本战国时代的弄潮儿织田信长被自己的家臣突袭于京都本能寺而被迫自尽身亡，就此与统一天下的志向失之交臂。最有希望统一日本的织田信长就这样在统一前夕死于自己的家臣之手，日本历史由此进入到丰臣秀吉和德川家康活跃的年代，然而这也给后世留下一个未解之谜——明智光秀发动本能寺之变的动机何在呢？自本能寺之变发生后的四百余年间各种说法层出不穷莫衷一是，迄今为止史学界仍没在这一问题上形成统一的答案。目前关于明智光秀发动本能寺之变的动机存在以下诸多说法：
夺妻说——明智光秀早年与织田信长的正妻斋藤归蝶青梅竹马，他发动兵变是为了报夺妻之恨。如果这种说法满足了读者猎奇猎艳的心理，不过如果此说属实，那么明智光秀作为织田家臣多年未免也太能忍耐了，所以这种说法估计多半系小说家戏言。明智光秀早年可能对斋藤归蝶暗生情愫，这也有可能成为诱使明智光秀报复织田信长的原因之一，但应该不会是真正最关键为核心的原因。这种说法如果拍成影视作品也许会满足一部分观众的猎奇猎艳心理，但作为史学研究应该是经不起推敲的。当然明智光秀早年是否曾对斋藤归蝶暗生情愫，而这种感情又是否在明智光秀决定发动本能寺之变时起到推波助澜的作用就不得而知了，不过我们应该能比较肯定的说这绝不是明智光秀发动本能寺之变最关键的原因。
怨恨说——织田信长尽管深具识人用人之明，但他是一个功利心极强的人，对部属重用但谈不上尊重，事实上织田信长的脾气异常粗暴，对部属时不时会有打骂侮辱的行为。信长曾邀请德川家康参加庆功宴，命光秀负责接待家康的工作，但信长因为不满光秀的招待品太过昂贵以及嫌湖水的鱼味道有异，因此斥责光秀，并命令由其他人负责工作，在家臣的劝阻下才由光秀继续接待。明智光秀的儿女亲家荒木村重反叛了织田家，明智光秀出于亲谊向信长求情：如果荒木投降的话，希望信长保留荒木一家的姓名，然而织田信长因此对明智光秀大加斥责。光秀为攻下波多野氏的八上城曾将自己的母亲（有的说法认为所谓的“母亲”其实是赝品，并非光秀生母）作为人质送入八上城以换取对方投降，信长却不管不顾地攻打八上城，导致光秀的母亲被杀。在征伐武田胜赖之时光秀因为失言被信长斥责，然后信长命令森兰丸以铁扇打光秀。坂本城的城主将会由森兰丸就任，因而光秀会失去该地的领土。这一系列事件令光秀对信长怀恨在心。
不安说——这一说法其实和怨恨说大同小异，这不过前者强调的是因为一系列事件光秀内心对信长产生了深深的不满，而这一说法更强调的是光秀出于担心信长先下手为强而对自己的命运深深不安。当时的日本是一个等级森严的国家，以致于在漫长的日本古代史上只有丰臣秀吉一人得以从底层跃升高位。中国古代尽管客观上也存在门第高低的理念，但同时也强调英雄莫问出处，而科举制的存在也为底层人士的晋升提供了一条尽管狭窄的路径；相比之下日本实际上就一个等级森严的世袭制社会。明智光秀尽管自称是美浓土岐氏出身，然而当时就有人对此有所怀疑，况且即使他真是美浓土岐氏出身也不过是出自早已败落的庶族分支，可以说他所拥有的一切都是自己奋斗的成果。作为这样一个从底层摸爬滚打起来的人物往往对手中的权力格外珍惜，然而信长的一系列举动令明智光秀感觉自己多年的努力都有可能白费：织田信长将明智光秀转封到出云、石见两地，问题是这两地都并不在织田家的控制之下，也就是说明智光秀要想得到这两处封地就必须自行将其攻陷，可与此同时明智光秀却必须放弃原来的领地和俸禄。这时织田家羽柴秀吉正与实际控制出云、石见的毛利氏作战，明智光秀可能认为信长将自己转封的目的是让自己成为秀吉的手下，于是他发挥自己丰富的想象力：从降级联想到失宠再联想到流放，而在此前织田信长曾在长筱之战后放逐了佐久间信盛和林秀贞，光秀担心信长会对家中的重臣进行大规模的放逐，为免失去一切，于是尝试谋反。
野心说——这一说法认为其实明智光秀和织田信长以及后来的丰臣秀吉、德川家康一样具有一统天下的野心。本能寺之变发生在天正十年农历六月二日（公历1582年6月21日），然而在此之前不久的天正十年农历五月二十八日明智光秀在和歌会上写下”ときは今天が下知る五月哉“。这句话从字面上可以翻译为五月的天下着蒙蒙的雨，然而とき在日语中正好是土岐的谐音，知与治也同音，因此后世也有人认为这句话其实是用谐音暗藏深意——这种观点认为明智光秀其实真正想要表达的含义是”土岐は今天が下治る五月哉“（土岐氏从如今的五月间开始治理天下）。如果此说属实，那么自称美浓土岐氏出身的明智光秀写下这话的意图就可谓是昭然若揭了。事实上明智光秀在本能寺之变后曾进入京都并被天皇册封“征夷大将军”，由此开创了他的明智幕府，尽管这一政权存在时间极其短暂，但似乎可以反证其实光秀也是一个有野心的人。不过此时明智光秀面对羽柴秀吉、柴田胜家和德川家康等实力派人物其实并无多少胜算，他只是以一场突袭的方式除掉了最有希望一统天下的织田信长，然而这却并意味着他能控制天下的局势。明智光秀能从底层一步步摸爬滚打起来，难道连这点战略分析的能力都不具备吗？因此关于野心说一直以来也是争议很大的。
保皇说——织田信长是一个对传统完全蔑视的人物：他对日本传统的佛教采取大力压制政策，因此而被誉为“第六天魔王”和“佛敌”，相反他和西洋传教士交往甚密。他废除了室町幕府，但又迟迟不接受天皇的册封而开设新幕府。在当时的日本有天皇朝廷和幕府将军两套行政机构，进入战国时代后其实这两套行政机构都已有名无实，政权转移到了手握兵权的各地守护大名手中。然而在此之前无论谁成为日本的实际统治者至少在形式上必须礼敬天皇，织田信长却对这一传统置若罔闻——本来此时的天皇已没政治实权，唯一的权力体现在文化礼仪方面：确定年号、组织各种纪念活动，织田信长居然相连天皇这点仅存的权力也要拿到手，这不能不令人怀疑：他要干一件日本有史以来无人敢干，甚至无人敢想之事——自立为皇。明智光秀则对织田信长破坏日本传统的行为颇多不满：作为佛教徒的明智光秀早就对织田信长迫害佛教徒的行为难以接受，而废立天皇一事在他看来更是直接动摇日本国体国本的大逆不道之举，因此必须加以阻止。
幕府复兴说——室町幕府的末代将军足利义昭和织田信长一样曾是明智光秀的主公，事实上光秀后来尽管加入了信长阵营，但对信长废除室町幕府之举也并未打心眼里认同，于是将织田信长解决，借机制造混乱，让义昭有机会回京。据说足利义昭在本能寺之变后曾写信给正与织田家处于对立状态的毛利家通报信长之死的消息，而信中行文语气放佛是他亲手杀死了信长一般。不过此说似乎不大可能——否则他为何在本能寺之变后自行组建幕府，再说当初信长废除室町幕府时也没见他有啥反应啊。
家臣共谋说——在本能寺之变前后织田家的重臣几乎都有诡异的举动，因此有人推测本能寺之变并非明智光秀的个人行为，而是织田家臣集体共谋、精心策划的结果。可能信长喜怒无常的个性以及之前一系列清除老臣的举动已令织田家的家臣团队出现了人人自危的心理，也许家臣们早已暗中串联策划了除掉信长的方案，明智光秀只是被推出来发动事变的人，而当事变当真发生后丹羽长秀、羽柴秀吉、柴田胜家等人立刻翻脸并以为主公复仇的名义除掉了明智光秀。这样一来既解决了令他们时时刻刻如履薄冰的喜怒无常的主公，又以为主公复仇的大义名分实现了杀人灭口的目的，接下来他们就可以瓜分织田家的政治遗产并以此作为资本图谋天下。
长宗我部阴谋说——明智光秀的重臣斋藤利三与四国大名长宗我部元亲有婚姻关系，但在1580年信长开始对四国进行侵略，在这种情况下四国的长宗我部家暗中通过斋藤利三和明智光秀取得联系做掉信长。2014年6月23日日本NHK电视台发布信息称已找到当年长宗我部元亲与斋藤利三的书信。信中所反映的是长宗我部元亲试图通过归顺信长而免于被征伐，明智光秀则力谏信长不要将四国地区交给元亲，然而信长不纳光秀之言。这是第一次发现长宗我部阴谋说的直接证据。
德川家康阴谋说——这一说法认为本能寺之变实际上是明智光秀和德川家康合谋发动的一场针对信长的阴谋事件。然而目前这一说法没任何证据作为支撑，只是因为德川家康存在作案动机及其在本能寺之变后的一系列行为举动使人们产生了这种怀疑：德川家康曾在织田信长的压力下被迫杀死自己的嫡长子德川信康和妻子筑山殿，为妻儿报仇显然是能构成作案动机的。本能寺之变后德川家康在第一时间绕路逃回三河，随即以迅雷不及掩耳之势接管了因信长去世而乱成一团的织田甲斐、信浓等处领土。他的动作之快使其成为接管织田信长死后留下的权力真空这一过程中的获益者。具有作案动机以及从信长之死中获益的现实使德川家康成为幕后黑手嫌疑人之一，但迄今为止这一说法未能得到任何证据作为支撑。
秀吉阴谋说——传闻光秀在外爱上了一女子，但因为正室熙子强烈反对致使光秀迟迟无法娶她入门，后来那女子生了名孩子，光秀溺爱他甚于光庆，有打算让他作为嫡子，此事被远在中国攻打毛利势力的秀吉知晓，便委托忍者抓了那对母子，之后迫使光秀陪他来演场戏——就是本能寺之变：由光秀来扮坏人，讨伐了主君织田信长，再由秀吉来扮英雄率领军队打着正义之师的名号来讨伐光秀，这样一来秀吉便可名正言顺的握有更大的权利甚至取信长而代之，而光秀也在秀吉的安排下装作被民兵杀死，随后隐居起来与妻儿享受人生的黄昏。
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以上说法究竟孰是孰非恐怕已很难说清，甚至不排除可能是多种原因共同作用才导致了本能寺之变的发生。